El programa de Protección es uno de los grupos de trabajo más importantes en cualquier área protegida, son ellos los que salen al frente para hacer que se cumplan las disposiciones legales y reglamentaciones internas que protegen las áreas protegidas. En el Parque, los primeros tres Guardaparques fueron contratados en 1998 y actualmente existen personal dedicados a tiempo completo a la vigilancia y protección del Parque Natural Metropolitano.

Los Guardaparques hacen recorridos de inspección a través de todo el territorio del Parque, incluyendo la zona de uso primitivo. Durante la mayor parte del tiempo, el personal responsable se distribuye la labor de los siete días de la semana. Pero en algunas ocasiones se realizan operativos especiales fuera del horario regular. Además, en la temporada seca se amplía el horario de trabajo para combatir las amenazas de incendio y proteger a las iguanas verdes durante su época de anidamiento.

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