El PNM se encuentra ubicado en el Corregimiento de Ancón, Distrito de Panamá, entre la Avenida Ascanio Villalaz, el Camino de la Amistad, el Boulevard Omar Torrijos Herrera y el Río Curundú. Los bosques del Parque se comunican con los del Parque Nacional Camino de Cruces, área protegida con una extensión aproximada de 4,590.00 ha. A su vez, el Parque Nacional Camino de Cruces se une con el Parque Nacional Soberanía, que posee una extensión de 19,541.30 ha. Estos tres parques conforman un cordón continuo de bosques que se extiende a lo largo de la ribera este del Canal de Panamá. La existencia de esta extensa zona boscosa protegida en el área del Canal de Panamá, permite garantizar la conservación de su diversidad biológica, además de contribuir a la supervivencia de especies que requieren de amplios territorios y asegurar el flujo genético entre poblaciones diferentes.